O nosso corpo é governado pelo chamado ciclo circadiano (relógio biológico), um ciclo que funciona de forma rítmica com picos e quedas, e com duração de 24 horas sobre o qual se baseia todo o nosso ciclo biológico. A temperatura corpórea, a liberação do cortisol, as variações do ritmo cardíaco e da pressão arterial, são exemplos de ritmo circadiano.
Sabe-se que os ciclos circadianos são controlados em sua maioria nos núcleos supraquiasmáticos do hipotálamo e estes, por sua vez, estão sob controle temporal por agentes sincronizadores, como a luz.
A temperatura corporal funciona em ritmo circadiano. Ela começa a elevar-se pela manhã, aumenta durante o dia e atinge o máximo no final da tarde, para logo depois do anoitecer, começar a diminuir, chegando ao mínimo de madrugada. Há evidências que a capacidade de desempenho é maior no período da tarde e início da noite quando a temperatura central e o metabolismo são próximos dos valores do pico. Ciclo biológico humano acaba favorecendo os exercícios físicos à tarde. No entanto, quem se sente bem acordando de manhã cedo para ir à academia, não precisa ficar preocupado. Estudos mostram que existem pessoas que preferem e se adaptam bem a primeira metade do dia, sem nenhum tipo de problema.

Na verdade, segundo quase todos os entendidos, o risco de não fazer nenhuma atividade, seja ela a que hora for, é muito maior para o coração do que realizar exercícios, ainda que pela manhã.
Após as horas de sono, quando o corpo está profundamente relaxado, os músculos e o organismo, em geral, precisam de uma dose extra de energia para ficar de pé e fazer exercícios. Por isso, a taxa metabólica é mais alta pela manhã. Por gastar mais energia, fazer exercícios pela manhã pode favorecer o emagrecimento
Mais importante que o horário, é você fazer exercícios físicos com regularidade, sendo o horário ideal, aquele que melhor se adapte ao seu estilo vida.
Prof. Gil - Academia FW
Saúde em alta performance